Mitsuda nació en Tokuyama, Prefectura de Yamaguchi, Japón, y se crió en Kumage. Cuando niño, tomó lecciones de piano, pero él estaba más interesado en los deportes y nunca tomó la música seriamente. También continuó con el ordenador personal a una edad temprana, y aprendió por sí mismo a programar canciones y juegos simples. Luego de un breve apasionamiento por el golf, Mitsuda redescubrió la música en la escuela secundaria, inspirado por la música de películas como Blade...